Tras su paso por Boca, el chileno vuelve a jugar en su país por dos años y medio. Allí lo hará en el primer club que militó en su carrera profesional.

José Pedro Fuenzalida retornó al club que le dio la oportunidad de mostrarse en el profesionalismo, Universidad Católica de Chile, donde jugó desde el 2004 hasta el 2007.

El polifuncional finalizó su vínculo con el Xeneize, por lo que negoció con el pase en su poder.

En esta última temporada, Fuenzalida participó 6 partidos con Boca y no marcó ningún gol. El chileno vuelve a jugar la Primera División en su país.